PCR Clean?祛除DNA的效果檢測(cè)

分子實(shí)驗(yàn)是生物學(xué)研究過程中常用的實(shí)驗(yàn)技術(shù)。隨著這類技術(shù)的普及與高度運(yùn)用，科研人員發(fā)現(xiàn)，DNA污染會(huì)PCR分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確性和靈敏性。

德國(guó)Minerva Biolabs公司針對(duì)實(shí)驗(yàn)室常用的核酸污染祛除試劑，在常見的儀器、物品的污染祛除效果進(jìn)行了檢測(cè)，并對(duì)其結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)的闡釋。

檢測(cè)PCR Clean?祛除大腸桿菌0104和大腸桿菌0157中細(xì)菌擴(kuò)增子DNA的效率，并與其他幾種清潔材料進(jìn)行比較。

將2μl （0.05 ng）大腸桿菌0104 DNA移入塑料箔、玻璃表面和實(shí)驗(yàn)室工作表面（Trespa?），或?qū)?μl （0.2 ng）大腸桿菌0157 DNA、大腸桿菌質(zhì)粒DNA移至有機(jī)玻璃?和鋁表面。

在DNA完全風(fēng)干后，使用一張紙巾，用PCR Clean?、稀釋的洗潔精、70%乙醇、異丙醇、水或干紙巾濕潤(rùn)后，分別輕輕擦去DNA滴入的地方，將DNA祛除。

然后用濕潤(rùn)的棉簽擦拭同一區(qū)域來收集樣本。作為陽(yáng)性對(duì)照，直接將0.05 ng大腸桿菌0104 DNA（用于塑料箔，玻璃或Trespa?檢測(cè)）、0.2 ng大腸桿菌0157 DNA（用于有機(jī)玻璃?和鋁檢測(cè)）2 ×10^6基因組拷貝的大腸桿菌基因組DNA或2 ×10^6基因組拷貝的大腸桿菌質(zhì)粒DNA，移液到250μl PCR級(jí)水中，并以與其他樣品相同的方式進(jìn)行提取。

結(jié)果顯示，與其他清洗劑和陽(yáng)性對(duì)照相比，PCR Clean?從測(cè)試的各個(gè)表面祛除擴(kuò)增子DNA后，擴(kuò)增子DNA的損耗更大（表1）。對(duì)于所有測(cè)試的表面，PCR Clean?顯示出祛除擴(kuò)增子DNA的**效果，這可以在圖1中觀察到。無論表面材料如何（圖1，a - e）， PCR Clean?的Ct值均高于其他清洗劑和陽(yáng)性對(duì)照（圖1，a - e），表明DNA量減少幅度較大。

表1.使用PCR Clean?與其他清洗劑比較，從不同表面祛除擴(kuò)增子DNA后的qPCR擴(kuò)增的ct值。

圖1.使用不同清洗劑從a . plexglass?、B. aluminum、C. Trespa?、D.Glass和E. Plastic foil中祛除大腸桿菌擴(kuò)增子DNA后的qPCR擴(kuò)增曲線（詳見上圖）。

結(jié)果顯示，與水和干紙巾相比，用PCR Clean?從鋁表面祛除基因組DNA和質(zhì)粒DNA后，與陽(yáng)性對(duì)照相比，基因組DNA和質(zhì)粒DNA的損耗更大（表2）。這也可以在圖2中顯示，其中基因組DNA擴(kuò)增的ct值(圖2，A)和PCR Clean?祛除后質(zhì)粒DNA擴(kuò)增的ct值（圖2，B）高于其他清洗劑祛除后的ct值，也高于陽(yáng)性對(duì)照，表明DNA量減少幅度更大。

表2.使用PCR Clean?從鋁表面祛除基因組DNA或質(zhì)粒DNA后，與水和干紙巾進(jìn)行比較，用qPCR擴(kuò)增測(cè)量ct值。

圖2。使用PCR Clean?、H₂O或干紙巾從鋁表面祛除后，大腸桿菌基因組DNA或大腸桿菌質(zhì)粒DNA的qPCR擴(kuò)增曲線