揭示細胞代謝的基礎：一種更精確地繪制線粒體代謝核心的工具

我們對細胞代謝的認識有一個明顯的差距:在許多情況下，我們仍然不知道營養物質是如何被運送到細胞中的。如果不了解這一點，開發與驅動新陳代謝的蛋白質轉運蛋白相關的許多疾病的治療方法，即使不是不可能，也是極其困難的。現在，《自然遺傳學》上的一項新研究提出了一種更精確地繪制這些代謝基因功能的工具。這個名為GeneMAP的平臺已經確定了線粒體代謝核心的一個關鍵基因代謝物關聯。

GeneMAP是由洛克菲勒大學查普曼·佩雷爾曼副教授Kivan? Birsoy的實驗室開發的，并通過在線門戶網站向公眾開放。

該平臺建立在先前的基因表達模型的基礎上，使用現有的數據集來確定代謝基因的功能，并將其產生的蛋白質與候選代謝物聯系起來，這在很大程度上依賴于人類細胞內發現的整套小分子化學物質的全基因組關聯研究(GWAS)。因此，它是同類工具中最早的一個。

當Birsoy小組的研究生Artem Khan使用GeneMAP進行測試時，該平臺迅速突出顯示了2000種基因代謝物關聯，其中一半已經得到已發表證據的支持。這是一個充滿希望的開始，但研究人員希望GeneMAP能夠發現尚未與任何代謝物匹配的蛋白質的功能。當GeneMAP發現SLC25A48基因與線粒體運輸必需代謝物膽堿的能力之間存在聯系時，他們很快就實現了自己的愿望。Birsoy的實驗室與范德比爾特大學Eric Gamazon的實驗室合作，隨后證實了GeneMAP的評估，證明SLC25A48的缺失使膽堿含量降低了約50倍——這是一個強有力的證據，表明他們發現了一種以前未知的線粒體轉運蛋白。

這些發現表明，GeneMAP可以成為發現代謝基因功能的主要工具，加深我們對代謝的理解，并產生可能具有臨床意義的結果。Birsoy實驗室之前的工作使用了類似的技術，將代謝物與一種與導致視力問題、肌肉無力和空間定向困難的衰弱性疾病有關的轉運蛋白聯系起來。

“許多營養轉運蛋白與神經退行性疾病有關，”Birsoy說。“我們發現的轉運蛋白越多，我們找到的治療方法就越多。”

本網站所有轉載文章系出于傳遞更多信息之目的，轉載內容不代表本站立場。不希望被轉載的媒體或個人可與我們聯系，我們將立即進行刪除處理。