我國學(xué)者創(chuàng)建“REDH”數(shù)據(jù)庫，探訪血細(xì)胞分化的RNA編輯組學(xué)

通過RNA將DNA轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)的過程遠(yuǎn)非直截了當(dāng)。在參與蛋白質(zhì)合成過程的幾種RNA中，有幾種可能在中途被編輯。在哺乳動(dòng)物中，RNA編輯主要涉及通過脫氨將腺苷(A)轉(zhuǎn)化為肌苷(I)，這可以產(chǎn)生廣泛的影響。例如，A-to-I轉(zhuǎn)換可以以不同的方式調(diào)節(jié)基因表達(dá)，并顯著改變最終合成的蛋白質(zhì)。

雖然RNA編輯是一個(gè)重要的生物學(xué)過程，但它也是包括癌癥在內(nèi)的一些疾病的關(guān)鍵潛在機(jī)制。因此，科學(xué)家們已經(jīng)建立了大規(guī)模的數(shù)據(jù)庫，記錄了各種人體組織中的RNA編輯位點(diǎn)。這些數(shù)據(jù)庫作為從RNA編輯組中識(shí)別潛在診斷或治療靶點(diǎn)的有用平臺(tái)，RNA編輯組包含給定細(xì)胞或組織中所有編輯的RNA分子。不幸的是，目前還沒有針對造血細(xì)胞的RNA編輯的數(shù)據(jù)庫。造血細(xì)胞的獨(dú)特之處在于，它們可以發(fā)育成包括紅細(xì)胞、白細(xì)胞和血小板在內(nèi)的所有類型的血細(xì)胞。

在《Chinese Medical Journal》最近發(fā)表的一項(xiàng)研究中，由中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院Yanni Ma博士領(lǐng)導(dǎo)的一組研究人員著手解決這個(gè)問題。他們建立了一個(gè)名為“REDH”的新數(shù)據(jù)庫，可以方便地訪問健康和惡性造血細(xì)胞的RNA編輯組。

為了構(gòu)建數(shù)據(jù)庫，研究人員下載并分析了來自29名白血病患者和19名健康獻(xiàn)血者的RNA測序(RNA-seq)數(shù)據(jù)。他們還包括來自12個(gè)小鼠造血細(xì)胞群體的RNA-seq數(shù)據(jù)。使用一種稱為序列比對的技術(shù)，他們準(zhǔn)確地識(shí)別了造血細(xì)胞中超過3萬個(gè)A-to-I編輯位點(diǎn)，以及造血癌癥中涉及的近50萬個(gè)編輯事件。

該數(shù)據(jù)庫由四個(gè)主要模塊組成:辨證、疾病、充實(shí)和知識(shí)模塊。“每個(gè)模塊都支持用戶定義的過濾器，根據(jù)用戶定義的設(shè)置動(dòng)態(tài)生成表格，結(jié)果可供下載，”Ma博士強(qiáng)調(diào)說。分化模塊包含有關(guān)小鼠細(xì)胞群中A-to-I編輯的詳細(xì)信息，目的是幫助科學(xué)家闡明RNA編輯與造血發(fā)育之間的相關(guān)性。另一方面，疾病模塊表征了來自兩種不同類型白血病的約50個(gè)樣本中的40多萬個(gè)A-to-I RNA編輯位點(diǎn)。它還結(jié)合了來自每個(gè)樣本的臨床和基因表達(dá)信息，允許在個(gè)體患者或隊(duì)列中靈活地探索RNA編輯事件。

富集模塊可用于探索超過9,000個(gè)RNA編輯位點(diǎn)的功能目的。它將這些位點(diǎn)分類為“染色質(zhì)組織”、“DNA代謝過程的調(diào)節(jié)”和“染色體組織的調(diào)節(jié)”。這個(gè)模塊可以幫助研究人員將觀察到的特征或癥狀與任何相關(guān)的RNA編輯事件聯(lián)系起來。最后，知識(shí)模塊包含經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的RNA編輯事件，這些事件已知會(huì)影響造血和造血癌癥。

REDH數(shù)據(jù)庫將成為指導(dǎo)和加速RNA編輯及其與血細(xì)胞分化關(guān)系研究的有用工具。它可以讓我們更深入地了解血癌，并為更好的治療鋪平道路。隨著新發(fā)現(xiàn)的出現(xiàn)，該團(tuán)隊(duì)計(jì)劃維護(hù)和更新REDH，正如馬博士評論的那樣，“為了使數(shù)據(jù)庫與RNA編輯領(lǐng)域的發(fā)展保持同步，我們將繼續(xù)監(jiān)測新發(fā)表的文獻(xiàn)，并擴(kuò)大數(shù)據(jù)庫中包含的血液疾病類型。”展望未來，Ma博士總結(jié)道:“我們希望我們的數(shù)據(jù)庫將成為探索造血分化分子機(jī)制的寶貴資源，并確定白血病和造血惡性腫瘤的潛在治療靶點(diǎn)。”

祝愿他們在REDH項(xiàng)目上好運(yùn)，也希望他們能找到關(guān)于血癌的見解和治療方法。

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